Il-wasla tal-Ordni f’Malta ġabet bidla radikali fid-demografija tal-gżejjer tagħna. Peress li Malta u Għawdex huma żgħar ferm, id-dipendenza fuq il-flotta u l-attivitá marittima kienet kbira ferm. Għaldaqstant, l-Ordni għażlet li twaqqaf il-Kunvent (kwartieri ewlenin) tagħha fil-Kottonera, b’enfasi partikolari fuq il-peniżola tal-Birgu. Hawnhekk, hija ħadet ħsieb li ssaħħaħ il-Forti Sant’ Anġlu u li tibni linja tas-swar matul il-kosta tal-Lvant u mal-wisgħa tal-għonq ta’ dan l-ilsien art imdaqqas li jifred il-Port ta’ Bormla mill-Bajja tal-Kalkara. Fl-istess waqt, l-irħajjel kostali li kien jinsab fl-akkwati tal-Knisja Parrokkjali ta’ San Lawrenz kiber f’qasir żmien u t-tessut urban mela l-wiċċ kollu tal-istess peniżola.
Dan it-tkabbir kien instigat l-aktar mill-ħolqien tal-Collachio, sewwasew il-binjiet uffiċjali tal-Ordni u r-residenzi tal-Membri tagħha. Kollettivament, il-binjiet uffiċjali kienu jissejħu l-Kunvent tal-Ordni u kienu jinkludu l-Palazz tal-Gran Mastru, il-Knisja Konventwali, is-Sacra Infermerija (l-isptar), il-Bereġ tal-Lingwi rispettivi, kif ukoll binjiet pubbliċi oħra bħall-Kastellanija (il-qorti ċivili). Fil-każ tal-Birgu, oriġinarjament il-Palazz tal-Gran Mastru kien fil-Forti Sant’Anġlu, iżda wara l-ħatra ta’ Jean de Valette fl-1557, dan ġie relokat għall-akkwati ta’ San Filippu. Dan kien qalba ewlenija tat-tmexxija tal-Ordni. Żewġ binjiet oħra t’importanza kbira kienu s-Sacra Infermerija u l-Knisja Konventwali; tal-ewwel kienet tirrapreżenta l-bidu tal-Kavallieri ta’ San Ġwann bħala Ordni Ospidaljiera għall-kura tal-pellegrini fl-Art Imqaddsa, filwaqt li l-Knisja Konventwali kienet essenzjali fil-ħajja ta’ ordni reliġjuż. Din tal-aħħar ġiet akkomodata fil-Knisja Parokkjali ta’ San Lawrenz.
Komponenti oħra ta’ rilevanza kienu l-Bereġ u r-residenza tal-Kappillani tal-Ordni. Il-Bereġ kienu l-kwartieri tal-Lingwi rispettivi. Fiż-żmien li l-Ordni kien f’Malta dawn kienu: (1) Aragona, Katalunja u Navarra, (2) Kastilja, Lijon u Portugal, (3) Provenza, (4) Averna, (5) Franza, (6) Italja, (7) Ġermanja, u (8) Ingilterra. Bejniethom, dawn kienu jkopru d-dinja Kattolika ta’ dak iż-żmien. Kull waħda minn dawn il-Lingwi kien ikollha responsabbiltà speċifika fit-tmexxija u l-ħidma tal-Ordni. Fil-fatt, il-Lingwa ta’ Aragona, Katalunja u Navarra kienet responsabbli mill-forniment tal-Ordni, il-Lingwa ta’ Kastilja, Lijon u l-Portugal kienet tamministra l-affarijiet barranin, il-Lingwa ta’ Provenza kienet tieħu ħsieb il-finanzi, l-artillerija u l-armerija, il-Lingwa ta’ Averna kienet fdata bit-tmexxija tal-forzi armati, il-Lingwa ta’ Franza kienet responsabbli mill-isptar, il-Lingwa tal-Italja kienet tmexxi l-flotta navali, il-Lingwa tal-Ġermanja kienet tieħu ħsieb il-bini u ż-żamma tas-swar, filwaqt li l-Lingwa tal-Ingilterra kienet tamministra l-kavallerija u l-għassa kostali.
Għaldaqstant, il-Bereġ kienu jservu bħala ċentri amministrattivi u kif ukoll ta’ kunvent għall-membri tal-Lingwa rispettiva. Infatti, il-prijuri u l-membri novelli tal-istess Lingwi kienu jgħammru fil-Berġa tagħhom, filwaqt li l-membri bbażati barra minn Malta kienu joqogħdu hemmhekk sakemm idumu Malta. Il-Bereġ kienu jservu wkoll bħala ċentru ċiviku għall-membri tal-Lingwa, tant li kull Berġa kienet tkun mgħammra b’kamra kbira għaż-żamma tal-laqgħat u l-ikliet. Binja oħra li kienet taħdem fuq l-istess kunċett tal-Bereġ kienet id-dar tal-Kappillani tal-Ordni. Minkejja li l-Kavallieri ta’ San Ġwann kienu lajċi (jiġifieri ma jirċevux l-Ordni Sagri), l-Ordni kellha l-fakultà li ssieħeb saċerdoti djoċesani. Dawn kienu jamministraw il-Knisja Konventwali u joffru s-servizzi spiritwali fl-isptar u mal-bqija tal-Ordni, u ma kienux suġġetti għall-awtorità djoċesana.
Minbarra dawn il-binjiet, il-Collachio kien jiġbor ukoll id-djar privati tal-Kavallieri. Fil-fatt, il-maġġoranza assoluta tagħhom ma kienux jgħixu fil-Bereġ ħlief għall-ewwel snin tas-sħubija. F’dan is-sens, il-Collacchio kien mifrux fuq il-maġġor parti tal-Birgu, speċjalment fix-xaqlibiet tal-Lvant u tat-Tramuntana, peress li dawn l-akkwati kien għadhom mhux maħnuqa mill-bini mal-wasla tagħhom f’Malta fl-1530. Wara li fl-1581 il-Kunvent tal-Ordni tmexxa għall-Belt Valletta, dawn il-binjiet bdew jintużaw għal skopijiet oħra bħal fil-każ tas-Sagra Infermerija u tal-Kastellanija li ġew żviluppati fil-Monasteru ta’ Santa Skolastika u fis-sede tal-Inkwiżizzjoni Rumana rispettivament. Binjiet oħra nbidlu, filwaqt li l-attakki qerrieda tal-għadu waqt it-Tieni Gwerra Dinjija għamlu ħerba minn diversi kwartieri. Madankollu, it-toroq imserrpa tal-Collachio għad għandhom elementi konsistenti mas-seklu 16.
