L-ewwel knisja ddedikata lil Santa Margerita Verġni u Martri f’dawn l-inħawi nbniet fl-1563. Din kellha titwaqqa’ u tinbena mill-ġdid ftit metri bogħod bħala parti mit-twettiq tat-tieni fażi tal-proġett tas-Swar ta’ Santa Margerita fil-bidu tas-seklu 18. Għaldaqstant, l-Ordni allokat 400 skud u biċċa art għal dan il-għan. Il-kuntratt sar quddiem in-nutar Giocchino Grixti fil-21 ta’ Lulju 1719 u l-proġett tal-bini ġie fdat lil mastru Antonio Azzopardi. Dan tlesta fl-1720 u l-knisja l-ġdida ġiet ikkonsagrata mill-Isqof Vincenzo Labini fit-28 ta’ Ottubru 1787. Fl-1856, imbagħad, inbena l-kampnar.
Il-Monasteru
Il-Monasteru jaf il-bidu tiegħu fis-sena 1726, meta żewġ saċerdoti xtraw dar biswit b’rabta mat-twaqqif tal-Konservatorju ta’ Ġesù u Marija għat-tfajliet li xtaqu jgħixu l-ispiritwalità Tereżjana. Fid-9 ta’ Novembru tal-istess sena, sitt tfajliet ingħaqdu f’dan il-Konservatorju taħt it-tmexxija tal-ewwel Superjura, Marija Madalena Purselli. L-għadd ta’ tfajliet imsieħba żdied f’qasir żmien u għalhekk inxtrat il-proprjetà tal-ġirien. Fl-istess waqt, il-Gran Mastru Antonio Manoel De Vilhena għamel tajjeb għax-xogħol strutturali. Dan il-Konservatorju sar Kunvent tas-Sorijiet tat-Terza Ordni Karmelitan Tereżjan bil-vot tal-klawsura fit-28 ta’ Ottubru 1731. Eventwalment, fit-12 ta’ Settembru 1739, l-istess Kunvent ġie dikjarat monasteru tat-Tieni Ordni Karmelitan Tereżjan u beda jissejjaħ il-Monasteru ta’ Santa Margerita.
Il-Faċċata
Il-faċċata tal-knisja hija mwaħħda ma’ dik tal-Monasteru, però tingħażel mill-bqija grazzi għall-portiku Barokk. Dan jikkonsisti f’arkata ċentrali u fetħa rettangulari fuq kull naħa, u għandu ħafna xebh mal-portiku tal-Knisja ta’ Santa Katerina fil-Belt Valletta. Il-binja mirquma tiegħu hija kkumplimentata miz-zuntier u mit-taraġ li jwassal għalih. Fl-istess waqt, il-kompożizzjoni pjuttost sempliċi ta’ din il-faċċata hija miksura wkoll mill-gwarniċar eleganti tal-bibien u tat-twieqi, u x-xogħol fil-ħadid tar-rixtellu u tat-twieqi.
Il-Knisja Minn Ġewwa
Il-knisja tikkonsisti f’navata msaqqfa bi troll bil-kustilji u għandha tliet artali. Il-maġġur juri l-Madonna bil-Bambin flimkien ma’ Santa Tereża ta’ Ġesu`, San Ġwann tas-Salib u Santa Margerita Verġni u Martri. Dan ġie mpitter minn Francesco Zahra fl-1758, u huwa kkumplimentat minn żewġ pitturi laterali, sewwasew rappreżentazzjoni ta’ San Ġużepp u ta’ San Franġisk ta’ Paola rispettivament. L-artali laterali huma ddedikati lill-Immakulata Kunċizzjoni u lil San Franġisk Saverju. Kif mistenni, il-ġenb tal-presbiterju hu mniffed ma’ kamra laterali permezz ta’ tieqa mdaqqsa. Din isservi ta’ kor għas-sorijiet. L-istess sorijiet jistgħu jidħlu wkoll fil-Knisja permezz ta’ waħda miż-żewġ galleriji li jinsabu fuq il-bieb. Il-gallerija l-oħra hija maħsuba għall-mużiċisti.
Dati Ewlenin
1563: bini tal-ewwel knisja ta’ Santa Margerita fl-inħawi
1714: twaqqigħ tal-ewwel knisja b’rabta mat-tkomplija tas-Swar ta’ Santa Margerita
1720: bini tal-knisja preżenti
1726: twaqqif tal-Konservatorju ta’ Ġesù u Marija
1731: twaqqif tal-Kunvent tas-Sorijiet tat-Terza Ordni Karmelitan Tereżjan bil-vot tal-klawsura
1739: twaqqif tal-Monasteru tas-Sorijiet tat-Tieni Ordni Karmelitan Tereżjan
1787: konsagrazzjoni tal-knisja
1940: relokazzjoni tas-sorijiet għand id-Dorotej l-Imdina minħabba l-perikli tal-gwerra
1944: ritorn tas-Sorijiet mill-Imdina
2000: proġett estensiv ta’ restawr u tqegħid tal-artal-mejda tal-irħam
